Este script realiza a análise de um banco de dados do Sistema de Informação de Agravos de Notificação – SINAN, em formato DBF, que tenha sido previamente geocodificado em um sistema de coordenadas UTM.
O objetivo é identificar casos suspeitos que tenham vínculo epidemiológico com casos confirmados por laboratório. Os critérios avaliados são a proximidade geográfica e a incidência em um mesmo intervalo de tempo, ambos configuráveis.

Este passo a passo pressupõe que o Python 3 já esteja instalado no sistema. O script faz uso de alguns módulos externos que precisam ser baixados da internet. Isso é feito de forma “semi-automática” pela ferramenta pip, que faz parte do Python.

O processo pode ser ligeiramente diferente a dependar da distribuição do Python que estiver instalada (Anaconda, WinPython, etc), mas na versão básica é o seguinte:

1. Através da opção Code > Download ZIP (acima), baixar o arquivo com o conteúdo deste repositório

2. Extrair o arquivo ZIP na pasta de sua preferência

3. Navegar até esse local pelo Explorador de Arquivos do Windows

4. Com a pasta aberta, segure a tecla shift do teclado e clique em qualquer espaço da janela com o botão direito do mouse

5. No menu “pop up”, selecione a opção Abrir janela do PowerShell aqui (ou Abrir janela de comando aqui, em versões mais antigas do Windows)

6. Checar se a linha de comando exibe o caminho da pasta correta. Opcionalmente, digite o comando dir (e tecle Enter) para se certificar de que o arquivo requirements.txt é listado

7. O ideal é que os módulos a serem baixados fiquem instalados em um ambiente virtual exclusivo deste script. Para criar esse ambiente, digite o comando: python3 -m venv env e tecle Enter

8. A depender da versão de terminal que estiver usando, digite um destes comandos para ativar o ambiente virtual:

   • PowerShell: env\Scripts\activate.ps1
   • Prompt de Comando: env\Scripts\activate.bat

   Atenção ao “S” maiúsculo.

9. Se o ambiente virtual foi ativado com sucesso, o indicador (env) vai aparecer antes da linha de comando. Isso feito, digite o comando pip install -r requirements.txt e tecle Enter

10. Os pacotes necessários serão instalados. Caso precise de informações mais detalhadas sobre ambientes virtuais, consulte as referências a seguir:

    • https://docs.python.org/pt-br/3/tutorial/venv.html
    • https://conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/tasks/manage-environments.html

1. Navegar até a pasta do programa pelo PowerShell ou pelo Prompt de Comando, como descrito acima

2. Ativar o ambiente virtual:

   • PowerShell: env\Scripts\activate.ps1
   • Prompt de Comando: env\Scripts\activate.bat

3. Executar o comando: python busca_ve.py

NOTA: Caso opte por instalar os pacotes na “raiz” do Python, sem o uso de ambiente virtual, os passos 7 e 8 da instalação e o passo 2 da execução podem ser ignorados.

O arquivo config.py pode ser modificado com qualquer editor de texto. Através dele podem ser feitos ajustes a eventuais alterações nos “dicionários de dados” do SINAN ou nos parâmetros considerados para vínculo epidemiológico. Como padrão, estão configurados os seguintes critérios:

• Distância de casos confirmados laboratorialmente em raio de 200 metros
• Intervalo de 15 dias antes ou depois de casos confirmados laboratorialmente

Caso seja editado, o arquivo config.py precisa ser salvo com a codificação UTF-8.